Genau so, wie Schilo es vorschlägt würde ich es auch machen.
Wichtig ist wie gesagt, die korrekte Positionierung der einzelnen Teilstücke und vor allem, dass du sie später gut zusammenfügst. Dabei würde ich erst die Teile zusammen in eine Datei importieren, sie richtig positionieren und erst dann weiter Bearbeitungen, wie Tonwertkorrekturen, etc... anwenden. Zudem solltest du mit dem Radierer die entstandenen dunklen Stellen, die durch das Auflegen des größeren Blattes auf die kleinere Scannerfläche aufkommen, entfernen.
Viel mehr zu beachten gibt es nicht, einfach auf ein sauberes Ergebnis achten. Etwaige Verschiebungen kannst du ja nachziehen.
cheers