Bei Firewalls die auf Windows und Co installiert werden, muss man normalerweise nur die Programme freigeben, nur bei Routern muss man noch den Port öffnen bzw. die entsprechenden Ports.
Also eigentlich müsste deine FIrewall fragen, ob dieses Programm, in diesem Fall eMule auf das Internet zugreifen darf oder eine ähnliche Frage, ansonst musst du es im Programm manuell freigeben.