Hauptcharakter ist der 14-jährige Shinji Ikari, der in einem zukünftigen, wieder aufgebauten Neo Tokyo der Widerstandsorganisation "Nerv" beitritt, die sich gegen feindselige Agressoren namens "Engel" stellt. Um gegen die riesigen Kreaturen zu kämpfen, denen sogar Atomwaffen nichts ausmachen, setzt "Nerv" riesige Mecha-artige Kreaturen ein, die von kindlichen Piloten gesteuert werden. Zwar können einige Attacken von den Engeln abgewendet werden, jedoch rückt die zweite Apokalypse unaufhaltsam näher.
Ende 1995 entstand mit der Serie "Neon Genesis Evangelion" ein regelrechtes Science-Fiction-Phänomen, das sich von Japan bis in den Rest der Welt fortpflanzte. Das Kultpotenzial war so hoch, dass es die ganze Anime-Schiene für immer veränderte.
