Ich glaube, valenterry wollte darauf hinaus, dass mkv kein Format, sondern ein Container ist.
Das kann zum Beispiel xvid, divx, wmv9 oder h264/x264 enthalten.
Noch dazu kann das Video mit vfr (variable frame rate) encodet sein.
Schneiden und umwandeln kann man auch nich in einen Topf werfen.
Schneiden von mkv geht wunderbar mit VirtualDubMod, solange es nicht vfr ist.