Man könnte auch alle Schritte, denke ich, z.B. mit Avidemux machen. Deutsches Video öffnen, Tonspur abspeichern (ist wirklich nur speichern und kein neues encodieren). Japanisches Video öffnen, japanisches Opening ausschneiden->Speichern, japanisches Ending ausschneiden->Speichern, nochmal neu das japanische Material laden, zuvor gespeicherte deutsche Tonspur auswählen->alles außer Opening und Ending speichern und zum Schluss Opening, eigentliche Folge und Ending zusammenfügen und fertig. (ob dann wirklich alles so schön passt weiß ich nicht, aber theoretisch müsste es so gehen und man braucht nur ein Programm :P)
Ist das deutsche Material den auch Uncut? Sonst wäre das ziemlich aufwendig. Auch vbr Ton macht manchmal Probleme beim schneiden und wieder zusammenfügen (Asynchronität von Bild und Ton).
Es wäre auch nützlich wenn du den Videocodec mit hinschreiben würdest. Avi ist ein Container und kein Codec.