Ich nutze
Handbrake.
Wenn du .mkv's haben möchtest kann ich dir dieses Programm empfehlen.
Es hat eine simple Oberfläche und genügend Einstellmöglichkeiten ohne einen gleich damit zu erschlagen. Dank der Warteschlange kann man das encoden einfach über Nacht laufen lassen. OpenSource ist es zudem auchnoch...aber wenn du bereit bist zu zahlen, über eine Spende würden sich die Entwickler sicherlich freuen ;-)
Bei den Einstellungen bin ich nicht pingelig. Ich schiebe den Voreinstellungs-Regler zumeist auf "medium" oder "slow", damit ist dann im Grunde eigentlich alles getan.
Bei Anime empfiehlt es sich noch im Reiter Audioeinstellungen und im Reiter Untertiteleinstellungen alle Spuren auszuwählen (wenn die Quelle mehr als eine Audio/UT-Spur hat).
Und nicht zu vergessen: Bei Handbrake sollte man die Einstellungen vornehmen
bevor man die zu encodende Datei auswählt, insbesonders wenn man mehrere Dateien encoden will.
LG
seras