Clannad:
So wird zunächst Protagonist und Schüler Tomoya Okazaki vorgestellt, der aufgrund seiner familiären Situation in tiefgreifenden Depressionen steckt. Seine Mutter verlor er bereits in frühen Jahren und sein Vater, der nicht über den Tod seiner Frau hinweg kam, wurde drogenabhängig. Seitdem ihm sein Vater Naoyuki bei einer Auseinandersetzung die Schulter verletzte, was bleibend die Bewegungsfreiheit seines Arms einschränkt, versucht er ihn weitgehend aus dem Weg zu gehen und streift oft des Nachts durch die Stadt. Dies brachte ihm in der Schule den Ruf eines Delinquenten ein, den er zusammen mit seinem besten Freund Yōhei Sunohara teilt.
Als zu Beginn des neuen Schul- und Abschlussjahres Tomoya wieder missmutig zur Schule geht, stößt er auf die ihm noch nicht bekannte Nagisa Furukawa, die sich zu seinem Erstaunen mit ihrem Essen unterhält. Nagisa, die lange Zeit krank gewesen war, nutzte diesen Moment um sich selbst den nötigen Mut zu verschaffen, die Schule nach einem Jahr der Abstinenz erneut zu besuchen. Sich gegenseitig bemerkend, versucht sich Nagisa an die Fersen von Tomoya zu hängen und es gelingt ihr so den Weg bis zur Schule zu gehen und am regulären Unterricht teilzunehmen. In der Schule bemerkt Tomoya die oft allein seiende Nagisa und beginnt zu ihr eine Freundschaft aufzubauen. Dieser Vorgang des Anfreundens bis hin zum gestehen der gegenseitigen Liebe.
Clannad After Story:
Nagisa die nun mit zwei Jahren Verspätung ihren Schulabschluss absolviert. Während Tomoya als Arbeitskollege von Yusuke Yoshino sich um die Instandhaltung von Strommasten kümmert, versucht sich Nagisa unterdessen als Bedienung in einem näher gelegenen Lokal.
Nachdem beide mit ihrem Leben glücklich zu sein scheinen, beschließen sie zusammen ein Kind zu bekommen, welches sie Ushio nennen wollen. Die Geburt stellt sich für die körperlich sehr schwache Nagisa als ein großes Problem heraus. Dennoch lehnen die Beiden eine Geburt im Krankenhaus zunächst ab und werden letztlich durch einen schweren Sturm daran gehindert das Kind im Krankenhaus zur Welt zu bringen. Während Ushio die Strapazen der Geburt unbeschadet übersteht, verstirbt Nagisa in dem Wissen Ushio zur Welt gebracht zu haben.
Tomoya, der auch in jungen Jahren seine Mutter verlor, kann sich mit Ushio nicht anfreunden und ignoriert sie für fünf Jahre. Ushio, die ihrer Mutter wie aus dem Gesicht geschnitten ist, wurde unterdessen bei Nagisas Eltern groß und kennt bis zu einem arrangierten aufeinandertreffen ihren Vater nicht, bzw. wurde darüber in Unkenntnis gelassen, dass es sich um ihren Vater handelt. Nach langem zögern Beider gelingt es ihnen ihre familiäre Beziehung zueinander anzuerkennen und als Vater und Tochter zu leben.
Doch auch ihr Glück wärt nicht lang, denn Ushio sieht nicht nur aus wie ihre Mutter, sie erbte auch die schwache physische Verfassung. So wird auch Ushio während der Anfänge ihrer Schulzeit für lange Zeiten krank, was Tomoya vor eine erneut harte Prüfung stellt. Letztlich bittet ihn die ans Bett gefesselte Ushio um einen letzten Ausflug, den sie in ihrem geschwächten Zustand bereits zu Beginn nicht verkraftet und in den Händen von Tomoya verstirbt. Der in seiner tiefen Depression gefangene Tomoya stirbt nun ebenfalls, besucht aber in einem Traum die fiktive Parallelwelt.
An dieser Stelle wird die Beziehung der in der Parallelwelt auftauchenden Figuren zur realen Welt deutlich. So ist das einsame Mädchen, welches zu erfrieren droht eine ältere Ushio, während Tomoya der von ihr gebaute „Roboter“ ist, der in dieser Welt ihr einziger Freund wird. Als beide dem einbrechenden Winter nicht entfliehen können und zu erfrieren drohen, geschieht ein Wunder, welches die Zeit zurücksetzt.
Durch das Wunder wieder an den Anfang der Handlung, dem ersten Aufeinandertreffen mit Nagisa, zurückversetzt, sieht sich Tomoya nun mit einer Wiederholung der Ereignisse und seines Leidens konfrontiert. So denkt er daran Nagisa zu ignorieren und den Dingen einen anderen Verlauf zu geben. Trotz seiner Bedenken entschließt er sich das Risiko einzugehen und geht erneut eine Beziehung zu Nagisa ein. Diesmal verläuft die Handlung geringfügig anders und Nagisa übersteht die Strapazen der Geburt von Ushio. Seitdem leben die drei glücklich zusammen. Auch die seit Ewigkeiten im Koma liegende Fuko Ibuki, deren Geist aus der Parallelwelt immer wieder die Handlung beeinflusste, erwacht und sieht sich nun mit ihrem neuen Leben – einen Kind im Körper einer fast Erwachsenen – konfrontiert.
