Das kann natürlich immer verschiedene Gründe haben, aber ein bekannter ist, dass ein 64 bit Windows kein 16bit code mehr ausführen kann. Beispielsweise bei X-Wing Alliance (1999) basiert der ursprüngliche Installer noch auf 16bit code. Um das unter einem 64bit Win noch zum laufen zu bekommen muss man ziemlich zaubern und vorallem nen gemoddeten Installer verwenden.
Ansonsten ist es halt schlicht inkompatibel. Da könnte ansonsten nur der Hersteller des Programms nachpatchen. Du musst natürlich auch sehen, dass solche Betriebssysteme wie heute, damals noch nicht da waren. Die meisten hatten damals noch Win98, dass im Prinzip noch ein DOS aufsatz war. Von einem 64bit Windows konnte man da nur träumen.