Die Schöpfer lehnten es ab einen Anime für das zweite Spiel zu machen, weil der erste Anime schwache Resonanz von der Fan-Base bekam und sie glaubten, dass die Handlung zu kompliziert sei für einen kurzen Anime.
Sie entschieden sich stattdessen direkt zu Danganronpa 3 zu gehen, um die Ereignisse zu zeigen welche vor dem zweiten Spiel passieren (Despair Arc) und danach (Future Arc).