Am 10. Mai stimmte Dönitz der Übernahme von SS-Angehörigen in die Kriegsmarine zu, obwohl er Himmler wegen der Verbrechen der SS am 6. Mai entlassen hatte. Aus Dönitz’ Sicht hatten Wehrmacht und Marine sich bewährt. Sie hatten sich – im Gegensatz zum Ersten Weltkrieg – nicht gegen die Regierung gewandt. Meuterei und Revolution waren ausgeblieben. Die pluralistische Regierungsform der westlichen Gesellschaften lehnte Dönitz ab.
„Die wahre Volksgemeinschaft, die der Nationalsozialismus geschaffen hat, muß erhalten werden; der Wahnsinn der Parteien wie vor 1933 darf nicht wieder Platz greifen.“
schrieb er eine Woche nach der Kapitulation. Er lehnte eine Verantwortung der NS-Führung für die Vorgänge in den Konzentrationslagern ab. Dass dies keine Staatsverbrechen seien, sondern normale juristische Fälle, die Einzeltätern anzulasten seien, ist seinem Tagesbefehl an die Wehrmacht vom 18. Mai zu entnehmen. Dönitz versuchte noch, über Dwight D. Eisenhower eine Verordnung in Kraft zu setzen, die das Reichsgericht für die Verbrechen in den Konzentrationslagern zuständig gemacht hätte.[17] Dönitz legte Eisenhower auch nahe, sein Vorgehen gegen den Nationalsozialismus einzuschränken, weil sonst eine Bolschewisierung Deutschlands drohe. Als er dabei seine eigene Bedeutung wegen seines Einflusses auf die Wehrmacht hervorhob, rieten Eisenhowers politische Berater, die Aktivitäten der Regierung Dönitz zu beenden. Am 23. Mai 1945 wurden Dönitz sowie die Mitglieder der Geschäftsführenden Reichsregierung und des Oberkommandos der Wehrmacht im so genannten Sonderbereich Mürwik/Flensburg auf der Patria verhaftet, das zur Britischen Besatzungszone gehörte.Offiziell endete seine Amtszeit, als die Alliierten am 5. Juni 1945 die oberste Regierungsgewalt über Deutschland übernahmen.
