Hey, ich hab das Problem auch (ein Kumpel hat mir glaub ich auch von ähnlichem berichtet) und bisher auch noch keine Lösung dafür gefunden.
Ich weiß nur, dass es Nachts schneller geht, als tagsüber was momentan unsinnig ist, da RS seit der Umstellung des Downloadspeeds für Freeuser eigentlich Bandbreite im Überfluss haben müsste.
An meiner Leitung liegts auch nicht, 16000er kann man mit CS 1.6 nicht dermaßen auslasten

und mit den Einstellungen kenn ich mich glaube ich auch genug aus um die Geschwindigkeitsbeschränkung abzuschalten.
Ich schau bei Gelegenheit mal im Forum vom jDownloader vorbei, wenn ich was rausfinde schreib ichs rein
EDIT:
Ich glaube hieran könnte es liegen, lade zumindest gerade mit 245KB ^^
Rapidshare.com:
Top-Speed: RapidShare-Aufrüstung abgeschlossen
02. September 2008
Wir haben unsere Infrastruktur weiter ausgebaut, so dass unseren Premium-Kunden jetzt wieder die volle Geschwindigkeit zur Verfügung steht! Wir haben den täglichen Premium Download-Traffic deshalb von 5 Gigabyte auf 10 Gigabyte erhöht.
Von den Erweiterungen profitieren auch die Nutzer unserer kostenlosen Services: Sie erhalten je nach Andrang eine Brandbreite von bis zu 2,0 Megabit pro Sekunde, die allerdings in Spitzenzeiten auch auf 0,2 Megabit pro Sekunde sinken kann, da wir unsere Premium-Kunden stets bevorzugt behandeln. Bitte denken Sie auch daran, dass die Begrenzung der Geschwindigkeit für Free-User notwendig ist, um RapidShare nach dem Wegfall der Captchas vor Überlastung durch automatisierte Downloads zu schützen. Als Ausgleich dafür entfiel bereits die Wartezeit vor einem Folge-Download.
Das Team wünscht Ihnen viel Spass und entschuldigt sich für eventuelle Unannehmlichkeiten während der Übergangszeit.