ja...
das ist ein bug in der GUI - soweit ich weiss.
klick den sub-title an und merke dir die ID.
ziehe dann das file mittels konsole raus:
"/Applications/Mkvtoolnix.app/Contents/MacOS/mkvextract tracks "the name of your mkv" "the subtitle ID":"the name of your mkv.sup".
sry. gerade nur linux-code da ;P
aber in windows gehts genauso ^^