Wie soll das denn anders gehen als mit Unterordnern? oO
Wenn du sie schnell finden willst must du halt viele Unterordner nach vielen Kriterien erstellen, das alles fein aufdröseln. Man kann dann eine Datei, die nicht eindeutig zuzuordnen ist, auch mehrmals abpeichern (bzw verlinken wenn sie groß ist).
Alternativ könntest du auch ne gröbere Ordnerstruktur machen und die Dateien mit passenden Stichworten benennen, so das du über die Windows Suchfunktion immer die findest, die du grade Suchst, aber das is sehr viel Arbeit.