Das alte FMA weicht ab einer gewissen Stelle vom Manga ab und hat somit ein "alternatives", nicht originales Ende. Bei der FMA 2 Version (die von 2009) bleibt der Anime am Mangaoriginal. Auch das Ende ist wie im Manga. Daher würde ich dir raten einfach FMA 2 zu schauen, sofern du nicht den Manga lesen willst.
Alternativ kannste auch alles anschauen, sind beides sehr gute Animes...^^