Hey..
Kommt darauf an, was genau du vorhast. Willst du auf Pixel-Ebene runtergehen und animiertes Pixel-Art machen, dann gibts speziell darauf ausgelegte Programme. Spontan nennen möchte ich die folgenden:
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Aseprite - Anzahl Werkzeuge ist recht begrenzt. Trotzdem bzw. gerade deshalb ist die Benutzung aber sehr einfach und zugänglich. Quellcode ist offen, die ausführbare Test-Version kann glaube ich keine Dateien abspeichern. Volle Version kostet ein paar $. Da es Open Source ist, findet sich aber sicher auch irgendwo noch eine kompilierte Fassung.
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Grafx2 - Sehr viele Werkzeuge, Effekte und Möglichkeiten. Ist allerdings strikt auf 256 Farben beschränkt. Für gif an sich ist das kein Problem, da das Format eh nicht mehr Farben unterstützt, ist aber mitunter erst einmal gewöhnungsbedürftig. Animation ist prinzipiell möglich, allerdings auch etwas sperrig. Für nicht-animiertes Pixel-Art aber meine persönliche erste Wahl. Frei und Open Source.
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PyxelEdit - War ursprünglich in erster Linie gedacht für Tilesheets, also "gekachelte" Grafiken für Games und so. Unterstützt schon seit einiger Zeit auch Animationen und ist zumindest für mich vor allem in diesem Bereich sehr cool, da auch mehrere Animationen innerhalb eines Dokuments existieren können. Das Prog kostet auch einen kleinen Betrag.
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GraphicsGale - Ein japanisches Programm (gibt ne englische Version). Kann leider nicht wirklich was dazu sagen, da ich es selber kaum benutzt habe. Gibt eine freie Version und eine zu bezahlende. Ich glaube aber mal gelesen zu haben, dass die freie keine GIFs speichern kann.
Das sind, wie gesagt, alles dedizierte Pixel-Programme und damit eher für kleinere Formate gedacht. Für größerformatige Sachen sind Programme wie das oben schon genannte Gimp vielleicht eher geeignet. Einfach ausprobieren.