Mit VirtualDub Mod.
Zuerst mit "MKVExtractGUI" die Audio-, Video- und Untertitelspur trennen und danach mit VirtualDubMod alle Spuren zu einer avi-Datei konvertieren. Kann gut möglich sein das du die Audio- und die Untertitelspur verändern musst (z.B. in .wav bzw. .ass zu .srt), aber im Internet gibt es dazu einige hilfreiche Sachen.
Hab auch andere Programme benutzt, diese waren in ihrer Handhabung zwar deutlich simpler, aber die Qualität ließ zu wünschen übrig (Untertitel wurden falsch platziert, Audiospur war nicht korrekt, viele fehlende Funktionen etc.).