Jiraya hat zwar eine nachricht erhalten das nagato und konan gestorben sein sollen nur das war ja eine fehlinformation
Pain wird von Tobi beauftragt, mit Konan nach Konoha zu gehen und den Kyuubi zu fangen. Dort angekommen lässt er seine Körper aus verschiedenen Richtungen angreifen, um Verwirrung zu stiften, während sein Gott-Körper und Konan Naruto suchen. Dabei kommt es zu einem Kampf zwischen dem Gott-Körper und Kakashi. Währenddessen findet Shizune heraus, dass die Piercings in den Körpern von Pain sein Chakra von einem Körper zum nächsten übertragen. Pain besiegt Kakashi, entnimmt Shizune die Seele, um herauszufinden wo Naruto ist und zerstört halb Konohagakure, um den Einwohnern zu zeigen, was Schmerz ist.
Naruto kehrt kurz daraufhin zurück und es kommt zum Kampf zwischen ihm und Pain. Naruto ist allerdings in der Zwischenzeit so stark geworden, dass er es schafft, fünf der sechs Körper im Alleingang zu besiegen. Doch dem Gott-Körper scheint auch er noch nicht gewachsen zu sein. Pain benutzt eine schwertähnliche Waffe, die aus demselben Material besteht, wie seine schwarzen Piercings, um Naruto am Boden festzunageln, wodurch er verhindert, dass Naruto Chakra aufbauen kann und führt eine kurze Unterhaltung mit ihm darüber, dass sowohl Naruto als auch er selbst den Frieden suchen, diesen jedoch auf unterschiedlichen Wegen zu erreichen wünschen. Hinata, die Naruto zu Hilfe kommt, wird von Pain besiegt und schwer verletzt, woraufhin in Naruto das Kyuubi-Chakra erwacht und dieser nacheinander die 6-schwänzige, die 8-schwänzige und auch beinahe die 9-schwänzige Form annimmt, was jedoch durch das Auftauchen des Yondaime Hokage in Narutos Bewusstsein gerade noch verhindert wird.
Im Manga-Kapitel 441 hat Naruto sich wieder in den Sennin Moodo versetzt und den Aufenthaltsort von Nagato, der Pain steuert, herausgefunden.
Nachdem Naruto alle 6 Pains besiegt hatte, machte er sich auf den Weg zu Nagato. Nagato will von Naruto wissen, was er glaubt, was der richtige Weg zum Frieden ist. Nachdem Naruto ihm seine Antwort gibt, schafft er es Nagato davon zu überzeugen, dass sein Weg der falsche ist. Nagato glaubt nun an Naruto und setzt zum letzten mal Gedo Rinne Tensei no Jutsu ein. Dadurch kann Nagato alle gestorbenen Leute aus Konoha widerbeleben. Jedoch stirbt er selbst daraufhin