Shisui ist doch als Leiche gefunden worden. Das wurde doch von den Uchiha noch untersucht und Itachi kam dadurch an sein MS.
Das Auge wurde durch Ao anhand des Chakras als das von Shisui erkannt, das führte doch erst zum Konflikt beim 5-Kage-Treffen.
Madara wird von allen die ihn schon länger kennen (Kisame, Pain, Zetsu) als solcher bezeichnet und hat beide Augen, warum sollte es Obito sein?
Was mich mehr interessieren würde ist, ob Madara Sasuke verarscht, indem er ihn mit der Augenbinde sitzen lässt. Bei ihm selbst hat das Einsetzen des Rinnegan ja instant funktioniert.